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python如何将给的碱基序列切成长度为4的kmEr

# 定义方法def get_list(seq,n): """ Parameters: --------- seq: string n : integer """ result = [] for i in range(len(seq)-n+1): result.append(seq[i:i+n]) return result# 示例seq = "ATCGCGTAAAGC"get_list(seq,4)# ['ATCG', 'TCGC', '...

思路: 1、首先采用命A=0,C=1,G=2,T=3. 就相当于4进制数字,然后采用karp-Rabin算法转换成唯一十进制数字。由于用此算法的哈希函数为:hash(value)=value*(4^(k-q-1)); value是该字符对应的值,k是kmer长度,q是此字符在字符串的位置范围在[0-(q-...

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